Com a finalidade de assegurar geração de conhecimento, oferecer um ambiente propício para desenvolver raciocínio científico e, sobretudo, combinar esforços para aprimorar a produção gerada por ele, o Ministério da Ciência e Tecnologia, por meio do Conselho Nacional de Pesquisa – CNPq – tem a função de cadastrar, sob critérios próprios, grupos de pesquisadores das instituições de ensino e de pesquisa. Pode-se dizer que, quanto maior o número de grupos de pesquisa cadastrados, maior a capacidade da instituição gerar conteúdo científico. A Universidade Cruzeiro do Sul conta hoje com 49 grupos de pesquisa representativos em 8 grandes áreas do saber, todos reconhecidos pelo CNPq. Sob a liderança de um pesquisador com a experiência na área, cada grupo tem a missão de conduzir pesquisa e expandir o saber em seu determinado campo de trabalho.